✅ 【更新 2026-10-03】改定は2026年10月1日に施行されました。10月1日以降の申請は新しい手数料です。9月30日までに受け付けた申請は、許可が10月以降でも改定前の額のままです。また、10月1日以降は手数料の納付がコンビニ決済・銀行決済になっています（出入国在留管理庁）。以下の「9月中にやること」は施行前の記録です。
※本記事は2026年9月時点で公表されている資料に基づく情報提供です。金額・施行日・経過措置は公布内容によって変わります。実際の申請計画は、出入国在留管理庁の発表と所管の窓口で必ずご確認ください。
この記事は何の続きか
在留申請の手数料改定については、これまで3本を公開しています。
- ① 2026年10月から在留資格の更新・変更手数料が値上げ（速報）
- ② 【速報】値上げの政令案が正式公表・意見募集を開始
- ③ 永住許可申請の手数料はいくらになる？改定の内容と申請タイミングの考え方
- ④ 本記事：企業は9月中に何を決めておくか（← 今ここ）
①〜③は「制度がどう変わるか」を扱いました。読者は主に申請する本人です。
本記事は、外国人を雇っている企業の人事労務担当者に向けて書きます。
社員の在留期間更新は、会社が費用を負担しているケースが少なくありません。手数料が変われば、来年度の予算と申請の段取りが変わります。
1. 何が決まったのか
2026年8月28日に、政令が公布されました。
もう「案」の段階ではありません。金額も施行日も確定しています。
| 内容 | |
|---|---|
| 政令 | 出入国管理及び難民認定法施行令及び日本国との平和条約に基づき日本の国籍を離脱した者等の出入国管理に関する特例法施行令の一部を改正する政令（令和8年政令第268号） |
| 閣議決定 | 2026年8月25日 |
| 公布 | 2026年8月28日（同日の官報に掲載） |
| 施行 | 2026年10月1日 |
意見募集（パブリックコメント・案件番号315000136）には 6,175件の意見が提出されましたが、案から修正はありませんでした。
出典：出入国在留管理庁「令和8年10月1日付け在留許可手数料の額の改定等について」2026-09-07閲覧 https://www.moj.go.jp/isa/01_00644.html
2. いくらになるのか
| 手続き | 現行 | 2026年10月1日から |
|---|---|---|
| 在留資格変更・在留期間更新 | 窓口 6,000円／オンライン 5,500円 | 1万円〜7万5,000円（許可される在留期間の区分による） |
| 永住許可 | 10,000円 | 20万円 |
企業にとって効いてくるのは、上の行です。
永住許可は本人が個人で行うことが多く、会社が負担する場面は限られます。
一方、在留期間の更新と在留資格の変更は、雇用している限り繰り返し発生します。
⚠️ 「許可される在留期間の区分による」の意味
政令は、許可される在留期間に応じて手数料の額を定めています。
つまり 3年や5年の許可が出た人ほど、手数料が高くなる構造です。
長く働いてもらう人ほど、1回あたりのコストが上がります。
オンライン申請の方が安くなります
在留申請オンラインシステムを使う場合、窓口より3,000円〜10,000円低い額が設定されています。
ただし決済手数料が別途かかります。
出典：出入国在留管理庁「オンライン申請における手数料額及び手数料納付方法について」2026-09-07閲覧 https://www.moj.go.jp/isa/11_00107.html
3. 9月30日までに受け付けた申請は、改定前の額のまま
ここが本記事でいちばん大事な部分です。
経過措置が置かれていて、基準になるのは「申請した日」です。
出入国在留管理庁の案内には、こう書かれています。
※令和8年9月30日までに行われた申請に対する許可については、当該申請に係る許可が令和8年10月1日以降となっても、改定前の手数料の額を納付することとなりますので御留意ください。
つまり、9月30日までに受付が完了していれば、許可が10月以降にずれ込んでも現行額（変更・更新なら窓口6,000円）で済みます。
審査が長引いても損をしません。
⚠️ 逆に言えば、10月1日以降に申請したものは新しい額になります。
在留期間更新の申請は、在留期限の3か月前から受け付けられます。
出典：出入国在留管理庁「在留期間更新許可申請」2026-09-07閲覧 https://www.moj.go.jp/isa/applications/procedures/16-3.html
つまり、9月中に受付期間へ入っている社員がいるなら、動く価値があります。
4. 9月中に企業がやること
締切まで日がありません。優先順位をつけて動いてください。
① 対象者の棚卸し（これは今日できます）
まず、在留期限が近い社員を一覧にします。
- 氏名／在留資格／在留期限／許可されている在留期間
- 次の更新は誰が費用を負担するか（会社／本人）
- 直近3か月以内に期限を迎える人が何人いるか
この一覧が無いと、いくら必要かの試算ができません。
意外とこの一覧を持っていない会社が多くあります。
② 9月中に出せる人を、今すぐ抜き出す
在留期間更新許可申請は、在留期間の満了日の3か月前から受け付けられます （6か月以上の在留期間を有する方の場合）。
つまり 在留期限が2026年12月末ごろまでの社員は、すでに受付期間に入っています。
この人たちを9月30日までに出せば、現行額で済みます。
⚠️ まだ受付期間に入っていない人は、無理に動かせません。
分けたうえで、出せる人から順に進めてください。
③ 来年度の予算は、新しい額で組み直す
10月以降の申請は、すべて新しい額になります。
1万円〜7万5,000円の幅があるので、許可されている在留期間ごとに人数を数えて試算してください。
3年・5年の人が多い会社ほど、増え幅が大きくなります。
④ 誰が負担するかを、就業規則や雇用契約で確認する
手数料が上がると、「会社が出すのか本人が出すのか」が現実の問題になります。
これまで会社が出していた場合、金額が変わったときにどうするかを決めていない会社が多いはずです。
先に決めておかないと、更新の時期に個別に揉めます。
5. コストを下げる方向の話
手数料そのもの以外にも、見ておくとよい点があります。
在留申請オンラインシステムを利用した場合、改定後の手数料は窓口申請よりも3,000円〜10,000円安く設定されています（例：1年は窓口33,000円に対しオンライン27,000円［6,000円引き］、3〜5年は窓口64,000円に対しオンライン56,000円［8,000円引き］、5年以上は窓口75,000円に対しオンライン65,000円［10,000円引き］。※3月以下は10,000円で同額）。ただし、オンライン申請では指定事業者への決済手数料（コンビニ決済・銀行決済）が別途必要となります。
また、許可される在留期間が長いほど手数料が上がるのが今回の構造です。
ただしこれは、短い期間を狙って申請すればよい、という話ではありません。
在留期間は申請者が選ぶものではなく、審査の結果として決まります。
短い期間になれば、その分だけ次の更新が早く来ます。
手数料を1回分安くしても、更新の回数が増えれば同じことです。
手数料の総額ではなく、更新の頻度と事務の手間まで含めて見てください。
6. まとめ
- 政令（令和8年政令第268号）は2026年8月28日に公布済み。施行は10月1日
- 変更・更新は 窓口6,000円 → 1万円〜7万5,000円（許可される在留期間の区分による）／永住は 1万円 → 20万円
- 9月30日までに申請すれば、許可が10月以降になっても現行額（経過措置＝申請日基準）
- 在留期間更新は満了日の3か月前から申請できる ── 在留期限が12月末ごろまでの人は、もう出せます
- オンライン申請は窓口より3,000円〜10,000円安い（決済手数料は別途）
- 企業がやること＝①対象者の棚卸し ②9月中に出せる人の抽出 ③新しい額での予算 ④費用負担の取り決め
- ⚠️ 短い在留期間を狙う発想はしない。更新の頻度が増えるだけ
制度の詳細は、出入国在留管理庁の案内でご確認ください。
次はこちら → 特定在留カードの確認、企業は何をすればいい？
まとめ記事 → 外国人採用のメリット・デメリット：2026年の採用市場を勝ち抜く戦略
️ 建設業の方へ → 建設業で外国人を雇うには？特定技能「建設」の受入要件と3つのステップ
